โดยส่วนใหญ่โรคกรดไหลย้อนไม่ก่อให้เกิดโรคแทรกซ้อนที่ร้ายแรง แต่ก็มีบางกรณีที่ไม่พบบ่อยอาจทำให้มีปัญหาสุขภาพมที่ร้ายแรงหรือถึงขั้นเสียชีวิตได้